论文查重软件与学校的合作方式有多种，一种常见的方式是学校购买论文查重软件的使用权限，供学生和教师使用。通过这种方式，学校可以监督学生的学术诚信，保障学术水平。另一种方式是软件厂商与学校建立合作关系，定制化服务，提供针对性的解决方案，满足学校的需求。还有一种方式是软件公司与学校进行深度合作，共同开发新的查重技术，提高查重准确度和效率。选择合适的合作方式，可以更好地促进学术交流和学术诚信建设。

除了以上提到的方式，论文查重软件与学校的合作还可以通过建立长期合作关系，共同推进学术研究和科研成果的交流与分享。学校可以借助论文查重软件的技术优势，提升学术评价体系，推动学术创新。同时，软件公司也可以通过与学校合作，深入了解学术需求，不断优化产品和服务，实现共赢。在合作过程中，双方需充分沟通，明确合作目标和责任，建立互信关系，共同促进学术研究的发展，推动科研成果的转化和应用。